我國現行的環境投入體制基本上是延續計劃經濟體制，環境保護責任及投資基本上由政府承擔。研究表明，中國70％以上的環境保護投資是政府和公共部門投入的，但由于政府財政資金有限，導致政府現行的投融資供給能力不足，可實際的資金需求是巨大的。這樣的投資體制必然會存在許多弊端。
1.投資總量嚴重不足。從20世紀80年代初至今，中國環保投資的總量呈現穩定的上升趨勢。尤其是90年代末期，環保投資總量有了較大幅度的增加，在局部領域和地區，環保投資增加的效應開始顯現。近些年，盡管我們投資總量有所增加，但占GDP的比重仍然很小。“八五”期間國家環境保護投資1307億元，按1990年的價格計算，占GDP的比重只有0.69％，沒有達到“八五”計劃規定的O.85％的目標。“九五”期間，雖然這一比重有所提高，接近1％，但遠低于發達國家。發達國家環境投資約占GDP的1.5％。“九五”期間，即使在經濟財政政策的有利形勢下，環保計劃投資4 500億元，但留有缺口超過100億元。“十五”期間，投資6996億元，據預測，“十一五”期間，我國環保投資需求在15433億元左右，占同期GDP的1.1％～1.3％。環境污染治理投資總量占GDP的比例呈迂回曲折上升的態勢。但這一比例仍然偏低，遠低于發達國家的2%-3%。環境污染治理投資總量占全社會固定資產投資的比例也呈迂回上升趨勢。若不創新現有的投資機制，未來的需求缺口會更大。導致投資不足，除了與經濟發展水平直接有關外，更重要的原因：一是重視不夠，在當前反映政府活動范圍的財政預算的科目設置上，環境保護投資并非基本建設支出、文教科衛支出等那樣作為一個獨立的支出科目，而是被寄托在基本建設支出、科技三項費用專項支出等科目之下，這種預算設置機制的結果是各級人大很難對政府在環保方面的投資進行監督，政府的環境保護投資得不到保證。二是民間環保投資的積極性沒有得以很好地調動，環境保護的正外部效應特點使得私人資本不愿積極主動地介入該領域。
2.投資效率不高。環境保護投資效率不高，主要體現在環境保護設施運轉效率低下，環境污染治理效果不佳。據統計，1991～ 1995年，中國污水處理能力年增長率為8％，但達標排放量的年增長率僅為1％。“九五”期間工業廢水治理投資年均增長率達34.1％，但廢水處理量和達標排放量并沒有出現同比增長，僅為9％左右，投資效率明顯不高。環保設施未能充分發揮效益的主要原因：一是缺乏預算約束機制和有效的監督制度，許多企業把應該用于污染防治的資金擠占或挪用，或將治污資金的相當比例用在環保機構工作人員的人頭費及其它裝備上，而不是用在排污設施方面。二是缺乏競爭機制。現行的環保投資的行為方式和經營管理方式嚴重滯后于社會整體的市場化進程。設計不合理、處理設施技術不過關、工程質量差、管理水平低及缺乏有效的競爭機制。環保投資效率不高又增加了籌集環保資金的難度。經驗表明，當污染治理投入占國民生產總值的比例達到1％～1.5％時，才能基本控制環境污染；提高到2％～3％時，才能改善環境質量。目前，我國這一比例僅有O.7％～0.8％。
3.投資結構不合理。較長一段時期，我國環保投資的重點一直在工業污染防治領域，而對城市環境基礎設施建設、環境管理部門建設、跨區域環境綜合整治、中小企業污染防治方面等投資甚少。從1986～1996年的10年間，新建和擴建項目的污染防治資金在環保投資總量中所占的比例一直維持在30％以上。中國在城市基礎設施建設的環保投入雖然每年都有一定比例的增加，但相對于中國的城市化進程和大中城市規模的迅速膨脹來說依然相距甚遠，城市環保投入的欠賬程度仍然持續增加。“九五”前兩年，城市環保投入增長甚微，相對于“八五”期間平均只增加了1個百分點。
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